Virüsler: Yaşamın Korsan Yazılımı mı, Evrimin Gizli Algoritması mı?

Virüsler doğanın en tuhaf şakalarından biridir: Kapıyı çalarlar ama ev sahibi değillerdir; nefes almazlar, yemek yemezler, metabolizmaları yoktur, hatta çoğu zaman kristal gibi hareketsiz durabilirler. Ama doğru hücreye temas ettiklerinde birdenbire sahne ışıkları yanar. Sanki uykuda bekleyen bir komut dosyası çalıştırılmıştır. Virüs, kendi başına canlı sayılmayacak kadar eksik; fakat canlı sistemlerin içine girdiğinde yaşamı yeniden yazacak kadar etkilidir.

Bu yüzden virüsleri anlamak için onları yalnızca mikroskobik düşmanlar olarak değil, biyolojik algoritmalar olarak da düşünebiliriz. Bir algoritma, belirli koşullar oluştuğunda belirli işlemleri sırasıyla yürüten talimatlar bütünüdür. Virüs de benzer şekilde çalışır: uygun hücreyi bul, yüzeye tutun, genetik materyali içeri sok, hücrenin üretim makinelerini ele geçir, kopyalarını üret, dışarı çık ve döngüyü tekrarla. Kulağa bir bilgisayar virüsü gibi geliyor, çünkü gerçekten de mantık aynıdır: sistemin kendi kaynaklarını, sistemin aleyhine kullanmak.

Canlı mı, değil mi? Yoksa soru mu yanlış?

Virüslerin canlı olup olmadığı tartışması, biyolojinin en felsefi sorularından biridir. Çünkü yaşamı nasıl tanımladığımıza bağlı olarak cevap değişir. Eğer yaşam; metabolizma, enerji üretimi, büyüme ve kendi kendine çoğalma ise virüsler canlı değildir. Eğer yaşam; bilgi taşıma, evrimleşme ve çoğalma stratejisi geliştirme ise virüsler yaşamın sınırında kamp kurmuş gizemli varlıklardır. Belki de virüsler bize şunu söylüyordur: Yaşam, sandığımız gibi bir nesne değil, bir süreçtir.

Virüsün özü genetik bilgidir: DNA ya da RNA biçiminde paketlenmiş bir komut dizisi. Bu komut dizisinin kendini çalıştıracak bir bedeni yoktur. İşte bu yüzden virüs, çıplak bir fikir gibidir; etkisiz görünür, ta ki bir zihne, yani burada bir hücreye girene kadar. Hücre ribozomları, enzimleri, enerji kaynakları ve zar sistemleriyle zaten çalışan dev bir fabrikadır. Virüs ise bu fabrikanın üretim planını değiştirir. Artık hücre, kendi proteinleri yerine viral proteinler üretir. Kendi düzenini sürdürmek yerine işgalcinin kopyalarını basar.

Bu noktada virüsleri küçük birer biyolojik hacker olarak görmek cazip hale gelir. Fakat dikkatli olalım: Virüslerin niyeti yoktur. Plan yapmazlar, kin tutmazlar, zafer sarhoşluğu yaşamazlar. Onlar amaçlı değil, seçilmiş yapılardır. Evrim, işe yarayan kopyalanma stratejilerini korumuş; işe yaramayanları sessizce tarihin çöplüğüne göndermiştir. Yani virüs akıllı değildir, ama akıllıymış gibi görünen sonuçlar üretir. Doğanın ürkütücü zarafeti de burada saklıdır.

Kod, konak ve kader

Bir bilgisayar programı donanım olmadan çalışamaz. Virüs de konak hücre olmadan çoğalamaz. Bu bağımlılık onu zayıf gösterir, fakat aynı zamanda olağanüstü verimli kılar. Kendi enerji sistemini taşımak yerine başkasınınkini kullanır. Kendi üretim hattını kurmak yerine hazır olanı ele geçirir. Minimalisttir; gereksiz hiçbir şey taşımaz. Bir anlamda virüs, biyolojinin “az kodla çok iş yapma” sanatıdır.

RNA virüsleri bu hikâyenin daha da hızlı oyuncularıdır. Kopyalanırken sık hata yaparlar; bu hatalar mutasyon yaratır. Mutasyonların çoğu başarısızdır, bazıları etkisizdir, çok azı ise virüse avantaj sağlar. Böylece virüs popülasyonları, devasa bir deneme-yanılma bulutu gibi davranır. Her enfeksiyon, mikroskobik ölçekte bir olasılık laboratuvarıdır. Evrim burada ağır ağır yürüyen bir kaplumbağa değil, klavyesi yanmış bir programcı gibi hızlı ve dağınıktır.

Yine de virüsleri yalnızca hastalıkla özdeşleştirmek eksik olur. Genetik tarihimizde virüslerin izleri vardır. İnsan genomunun önemli bir kısmı eski viral kalıntılar taşır. Bazı viral kökenli genler, memelilerde plasentanın gelişiminde rol oynamıştır. Yani bizi tehdit eden bu parçacıklar, aynı zamanda bizim biyolojik hikâyemize katkıda bulunmuştur. Düşman dediğimiz şey, bazen soy ağacımızın unutulmuş bir yazarıdır.

Virüsler bize sistemler hakkında da ders verir. Bir sistem ne kadar karmaşık ve üretkense, o kadar ele geçirilebilir yüzeye sahiptir. Hücreler, bağlantıları sayesinde yaşar; aynı bağlantılar onları savunmasız kılar. Toplumlar, ağlar, bilgisayarlar ve zihinler için de benzer bir ilke geçerlidir. Bilgi akışı güçtür, ama her akış bir sızıntı ihtimali taşır. Açıklık, hem yaratıcılığın hem istilanın kapısıdır.

Sonuçta virüsler yaşamın kenarında duran karanlık elçiler gibidir. Bize canlılığın yalnızca nefes alan bedenlerden ibaret olmadığını, bilginin de neredeyse canlı gibi davranabileceğini gösterirler. Onlar ne tam ölüdür ne tam diri; ne makinedir ne organizma. Bir virüs, doğanın şu rahatsız edici cümlesidir: “Bazen var olmak için yaşamak gerekmez; doğru sisteme sızmak yeterlidir.”

İçimizdeki Eski Misafirler: Mitokondriler Bir Zamanlar Bakteri miydi?

Vücudunuzdaki her hücre, görünmez bir şehir gibi çalışır: enerji santralleri, atık yönetim merkezleri, haberleşme ağları ve güvenlik sistemleriyle doludur. Bu şehrin en dikkat çekici yapılarından biri mitokondridir. Okul kitaplarının klasik tanımıyla mitokondri, hücrenin enerji üretim merkezidir. Fakat bu tanım, hikâyenin en tuhaf ve en heyecan verici kısmını saklar: Mitokondriler, çok uzak bir geçmişte bağımsız yaşayan bakterilerin torunları olabilir.

Bir yutulma değil, tarihî bir ortaklık

Yaklaşık 1,5 ila 2 milyar yıl önce, ilkel bir hücre başka bir bakteriyi içine aldı. Normal koşullarda bu olay avcının avını sindirmesiyle biterdi. Ancak bu kez sindirim gerçekleşmedi. İçeri giren bakteri, oksijeni kullanarak yüksek miktarda enerji üretme becerisine sahipti; ev sahibi hücre ise ona korunaklı bir ortam ve besin sağladı. Başlangıçta geçici bir iş birliği olan bu ilişki, milyonlarca nesil boyunca öylesine sıkılaştı ki iki ayrı canlı, tek bir biyolojik kader paylaşmaya başladı.

Bu sürece endosimbiyoz, yani “içeride birlikte yaşama” denir. Simbiyogenez ise daha geniş bir fikri anlatır: Yeni ve daha karmaşık yaşam biçimleri yalnızca rekabet, rastlantısal mutasyon ve eleme yoluyla değil, farklı canlıların kalıcı ortaklıklar kurmasıyla da doğabilir. Yaşam ağacının bazı büyük dalları, belki de bir tür biyolojik evlilikten filizlenmiştir.

Mitokondrilerin bakteriyel geçmişine dair kanıtlar

Bu fikir yalnızca etkileyici bir metafor değildir; güçlü biyolojik kanıtlarla desteklenir. Öncelikle mitokondrilerin kendilerine ait küçük, halkasal bir DNA’sı vardır. Bu DNA biçimi, çekirdeğimizdeki uzun doğrusal kromozomlardan çok bakterilerin genetik düzenine benzer. Mitokondriler ayrıca hücre bölünürken sıfırdan üretilmez; bakteriler gibi büyür ve ikiye bölünerek çoğalırlar.

Bir başka ipucu, mitokondrilerin çift zarıdır. İç zarın, bir zamanlar bağımsız bakterinin kendi zarı olduğu; dış zarın ise onu içine alan hücrenin zarından kaynaklandığı düşünülür. Dahası, mitokondrilerdeki ribozomlar —protein üreten moleküler makineler— bakteriyel ribozomlara, hayvan hücrelerinin sitoplazmasındaki ribozomlardan daha çok benzer. Genetik karşılaştırmalar da mitokondrilerin özellikle alfaproteobakteri adı verilen bakteriyel grupla akraba olduğunu gösterir.

Yine de mitokondri bugün bağımsız bir bakteri değildir. Atalarının genlerinin büyük kısmı zaman içinde ev sahibi hücrenin çekirdeğine taşınmıştır. Bu nedenle mitokondri, ihtiyaç duyduğu pek çok proteini artık kendi başına üretemez. Bir bakıma eski özgürlüğünü kaybetmiş, fakat daha büyük bir organizmanın vazgeçilmez parçasına dönüşmüştür. Bu durum bir yenilgi mi, yoksa evrimsel ölçekte olağanüstü başarılı bir dönüşüm mü? Biyoloji, bu tür sorulara tek kelimelik cevaplar vermeyi sevmez.

Kim “ben”dir?

Simbiyogenez, kimlik fikrimizi de hafifçe sarsar. Kendimizi tekil, bütün ve bağımsız organizmalar olarak algılarız. Oysa hücrelerimizde çalışan mitokondriler, kadim bakteriyel bir soyun mirasını taşır. Üstelik bağırsaklarımızdaki mikrobiyota da sindirimden bağışıklığa kadar pek çok işlevde bize eşlik eder. Belki de “ben” dediğimiz şey, sınırları sandığımız kadar keskin olmayan, sayısız ortaklığın geçici ama etkili bir bileşimidir.

Mitokondrilerin öyküsü evrimin yalnızca mücadeleyle yazılmadığını hatırlatır. Bazen en büyük yenilik, rakibini yok etmekten değil, onunla yaşamayı öğrenmekten doğar. İçimizde hâlâ çalışan bu eski bakteriyel miras, her nefeste enerjiyi kullanılabilir güce çevirirken sessizce aynı dersi fısıldar: Karmaşıklık, bazen ayrışmanın değil, yakınlaşmanın ürünüdür.

Beyin Nedir?

beyin-yapisiİnsan beyni, maddenin evriminin ulaştığı en üst noktadır. Fiziksel olarak yaklaşık 1,5 kilogramdır ve birçok insan organından daha ağırdır. Yüzeyi bir ceviz gibi kıvrımlıdır ve soğuk yulaf lapasını andıran bir rengi ve kıvamı vardır. Ne var ki biyolojik olarak son derecede karmaşıktır. Muazzam sayıda, muhtemelen toplam 100 milyar kadar hücre (nöronlar) içermektedir. Fakat her bir nöronun, kendisine destek hizmeti gören glia denen daha küçük hücrelerden oluşan bir topluluk içine gömülü olduğunu keşfettiğimizde bu sayı bile cüce kalır. Beynin büyük bölümünü, iki eşit parçaya bölünmüş olan serebrum oluşturur. Serebrumun yüzeyi korteks olarak adlandırılır. Korteksin büyüklüğü insanı bütün diğer organizmalardan ayırır. Serebrum kabaca belirli vücut fonksiyonlarına karşılık gelen ve algısal bilgiyi işleyen bölgelere ya da loplara ayrılır. Serebrumun arkasında, vücuttaki tüm küçük kas hareketlerini kontrol eden beyincik uzanır. Bu kısımların altında omuriliğin devamı olan kalın bir sap ya da beyin sapı bulunur. Burası, her şeyi beyinle iletişime sokmak üzere, beyinden çıkarak omurilikten geçen ve vücudun tüm sinir sistemine uzanan sinir liflerini taşır.
Devamını oku “Beyin Nedir?” →

Evrilme hangi yöne?

Düşünüyorum da, insanın birleşiklikten ayrılıp tekil (birey) hale gelebilmesi muazzam bir çaba gerektirmiş olmalı. Tüm duyu organlarını kısıtlamak, sınırlamak, her türlü biliş hissini yok saymak ve yok yerden şüpheler geliştirebilmek için insan nesli binlerce yılda olağanüstü uğraşmış gibi geliyor artık bana. Zaten eski mitleri okuduğum zamanlarda “birey olma” mücadelesini derinden hissetmiştim, içim sızlamıştı fakat o zamanlar bunu birazcık “yükselme” gibi algılıyordum sanırım yani lineer bir bakış açısıyla, bitki-hayvan ve insan gibi bi sıralama içerisinde zorlukla tırmanılan bir aşama gibi görmekteydim birey olmayı.

Oysa şimdi Birey olmanın tekilliğini, çok boyutluluktan bir kısıtlama, birleşiklikten, sonsuz şefkat ve güvenden geriye düşen bir sınırlama hali olarak da algılamaya başladım. Şüphesiz her ikisi de bir evrilme durumu, sadece başlangıç gelişme ve sonuç bölümlerinde bir değişim var, daha doğrusu her iki hissim de aynı anda doğru; çünkü olayı daha bir bütünsel görebilmeye başladım.

Sanırım buna kutlu buluşmam diyebilirim 🙂

*

Hücrelerimiz bizi dinliyor. Onları aramamızı bekliyorlar.

Telefon numarasını biliyor muyuz?

Biliyoruz: saf niyet

Saf niyet, yani onlara(bütünlüğümüze) olan aşkımız.

Her şey böyle basitken meseleleri bu kadar karmaşık hale getirebilmiş olmamıza şaşıyorum. Şimdi ben bu basit bilgiyi anneme söylesem bana güler. Araya onlarca latince-farsça-arapça kelime, binlerce uygulama talimatı, diplomalar, bilgece bazı laflar tıkıştırsam olur mu acaba? Hala aynı basit şeyi söylemiş olabilir miyim: Hücrelerin seni dinliyor!

Sanırım bu işin sırrı her zamanki gibi uygulayarak göstermek

Don Juan’ın dediği gibi Gizemlerle bezeli dünya! Hay bin galaksi köftesi!

Hücrelerimiz tembel mi?

TE: ” İnsan açısından bakacak olursak, insanlar en az gayretle en rahat edecekleri yaşam tarzını seçerler, diyebiliriz.”

Bu açıklama bana pek inandırıcı gelimiyor. Bu söylentiyi genelde fikralarda memurlar üzerine çok duyarız. Bu saptama tembelliğin bilimsel onurlandirilmasi olur ki bu da bence gerçekleri hiç yansıtmıyor. Bu betimlemek neden bir dağcının en doruklara tırmandığını açıklamıyor. Bu betimlemek neden insanların rahat bir yaşam seçmek yerine okullarda ızdırap çektiklerini anlatmıyor. Bu betimleme ırmakta boğulmak üzere olan biri neden köprü başında olan başkası tarafından hayatını tehlikeye attığını anlatmıyor. Oysa bogulani rahat rahat izleyebilirdi. Böyle akıl almaz çok örnek verilebilir.

Insan denen mahluk o micro boyutta anladığımız sandığımız özelliklerden daha karmaşıktır. Pascal şöyle demiş: Gonlun nedenlerini akıl algilayamiyor.

sa: Sevgili Turan, sadece bu yazında değil seninle başka konulardaki sohbetlerimizde de dikkatimi çeken bi kabulün var, belki önce onu açıklığa kavuşturmalıyız. “En az gayretle en rahat edecekleri konuma ulaşmak” anlamına gelebilecek her konuşmada itiraz ettiğini gördüğümden buradaki anlamı “tembellik” ve bi çeşit kadercilikle eşleştirmiş olabileceğini düşünmeye başladım.
Oysa ne atomların ne de hücrelerin tembellik içinde olduğunu söylemmek sanırım mümkün değil. Burada söylenmek istenen (bence) her an “fayda analizi” yapmayı becerebilmektir. Sana fayda analizini iyice incelemi önermiştim bi aralar. Belki bunu “attığın taş ürküttüğün kuşa değsin” atasözündeki gibi (Bir işi yapmak için kullanılacak kaynağın, işin sonucunda elde edeceğin faydadan daha küçük olacağı durumlarda kullanılan bir söz.)tatmin edici olmasıdır. Ancak burada da hemen bi çeşit kişisel hırslar ya da maddi faydalardan bahsedilen rahmetli Özal’ın,”bir koyup bin almak” gibisinden köşe dönücülük anlamı da çıkarılmamalı. Buradaki FAYDA, bütünselliğimizin tamamını içeren, içermesi gereken bir analizin her an yeniden yapılmasını gerektirir.
Buna biz Toltec felsefesinde çok kısaca “bilgelik yolundaki savaşçı anda gerekeni yapar” denmiştir. Üstelik her sözcükte eylem eylem eylem, önerilmiştir. Peki sence bu durumda tembellikten söz etmek mümkün müdür?

TE: bu faydacilik felsefesi Ingilterenin endürüstlenmesi zamaninda cok yaygin olan bir felsefeydi ve ne kadar dogru oldugu görüldü. Senin anlatmak istedigin sey ile burada bahsi gecen “fayda” cok degisik seylerdir. Sen sunu demissin: “bilgelik yolundaki savaşçı anda gerekeni yapar”  Bu sözler ile “En az gayretle en rahat edecekleri konumaulaşmak”  cümlesi arasinda büyük fark vardir. “Anda gerekeni” yapmak “en faydalisini yapmak” ile esdeger degildir. Bogulmakta olan biri neden hayatini tehlikeye atip akintilardan bogulmakta olan o insani kurtarsin ki? Burada fayda nedir? Bence o adamin yaptigi seyin kendince hic bir faydasi yoktur. “En ay gayret” bu örnekte ne olurdu simdi? Bence en az gayret o bogulmakta olan adami kaderine terk etmekti. Eger gercekten o adam mantikli bir hesap yapmis olsaydi kendini tehlikeye atmazdi. Oysa o ne yapiyor? Mantik disinda kendi hayatini tehlikeye atiyor? Insanda onu belirleyen mantik disinda baska seyler de olmali. O adam “gerekeni” yapiyor, hem de hic hesap yapmadan.

sa: Sevgili Turan, sen öyle anlamak istiyorsan beni hiç rahatsız etmez ama ben böyle anlıyorum 🙂

“Bogulmakta olan biri neden hayatini tehlikeye atip akintilardan bogulmakta olan o insani kurtarsin ki? Burada fayda nedir? Bence o adamin yaptigi seyin kendince hic bir faydasi yoktur.”
Diyorsun, bundan neden bu kadar  eminsin?
Eğer o anda kişiyi kurtarabilme ihtimalini GÖRDÜYSE insan bu fırsatı kullanır çünkü bir kişiye ulaşmak DÜNYAya ulaşmaktır.Yok eğer o ihtimalin olmadığını GÖRDÜYSE bu kez de suya atlamayarak yine bir kişiyi (yani kendini) kurtarmış olur, ki bu da dünyaya ulaşmak olur.

**

I can’t win, I can’t wait
I will never win this game without you, without you

http://www.youtube.com/watch?v=dkDnCynREr8

“kazanamam, bekleyemem. Sensiz asla bu oyunu kazanamam” diyo. Çok doğru, bizi içten ve dıştan çevreleyen potansiyel olmaksızın bu oyunu kazanmak şöyle dursun varlığımızı bile sürdüremeyiz. 🙂